孕期亲子鉴定，特别是无创产前亲子鉴定技术和传统的侵入性产前检测（如羊水穿刺、绒毛活检结合DNA分析），其科学原理决定了其具备极高的准确率。现代DNA检测技术通过对父母及胎儿样本（母亲血液中游离的胎儿DNA或直接获取的胎儿样本）中特定基因位点进行比对分析。只要样本合格、操作规范，当前技术对亲子关系的确认准确率通常能达到99.99%以上，而对非亲生关系的排除则可以说是接近100%的。因此，从技术层面而言，孕期亲子鉴定的准确率是极高的。
虽然孕期亲子鉴定准确率极高，但理解其表述非常重要：
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排除非亲生关系：如果分析结果显示多个基因位点不匹配（通常认为3个或以上关键位点不符合遗传规律），则可以100%排除生物学父亲关系，否定结果绝对可靠。
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确认亲生关系：当检测发现所有分析的基因位点均符合遗传规律时，会计算出一个亲子关系概率值（通常大于99.99%）。这意味着基于检测的位点信息，该男子是孩子生物学父亲的可能性极高（超过99.99%），但技术本身存在理论上的极限。报告表述为“支持存在亲子关系”，并附上累积亲权指数和概率。
尽管技术本身精准度很高，但实践中仍需注意以下可能影响最终结果可靠性或解读的因素，以确保检测结果真实准确：
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样本污染：母亲血液样本中母亲自身DNA占绝大部分，对无创胎儿游离DNA浓度有一定要求，极低浓度或样本运输存储不当可能导致检测失败或误差。侵入性操作中若混入母体组织也可能影响结果。
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实验操作与生物信息分析：规范的实验室操作流程和严格的质控标准是保证结果准确的基础。生物信息学分析的算法也需经过充分验证。
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母亲身体状况：如孕妇近期接受过输血、干细胞移植，或自身患有某些肿瘤，其血液中可能存在供体或肿瘤细胞的DNA，对无创产前检测结果可靠性产生干扰，可能导致假阳性或假阴性风险。
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同卵双胞胎情况：若父亲是双胞胎之一，无法通过常规DNA检测区分生父是哪一个。
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近亲关系：当被检测的疑似父亲与孩子的真实生物学父亲存在亲缘关系（如兄弟）时，存在基因匹配度高的可能性，可能得到亲权指数偏高的结论，需要更复杂的分析或增加检测位点。
务必区分亲子鉴定与唐氏综合征筛查，后者仅为患病风险评估，完全不同于确认亲子关系的DNA检测。